Паралельно із вдосконаленням системи розрахунків за електроенергію всіма учасниками ОРЕ, керівництвом ПЕК та держави в цілому вирішувалася проблема щодо врегулювання взаємної заборгованості. Наявність боргових зобов'язань - одна з головних проблем не лише електроенергетичної галузі, а й усіх підприємств ПЕК. Щорічне зниження темпів приросту заборгованості та наближення розрахунків до 100-відсоткового рівня дозволило розпочати реалізацію програми погашення взаємної заборгованості учасників ОРЕ, яка виникла у попередні роки та перевищила 16 млрд. гривень.

Для покращення фінансового стану підприємств ПЕК та з метою запобігання їх банкрутства і підвищення рівня інвестиційної привабливості шляхом впровадження механізмів погашення заборгованості у червні 2005 р. Верховна Рада прйняла Закон України "Про заходи, спрямовані на забезпечення сталого функціонування підприємств паливно-енергетичного комплексу". Законом передбачено погашення заборгованості за енергоносії, основна частина якої утворилася у період структурної перебудови економіки країни, коли підприємства ПЕК постачали енергоносії без належної і своєчасної оплати за них та за тарифами, які не в повній мірі забезпечували покриття витрат підприємств ПЕК на виробництво, передачу та постачання енергоносіїв.

Для досягнення поставленої мети, а також для координації дій учасників розрахунків, у складі ДП "Енергоринок" у серпні 2005 р. утворений Розрахунковий центр.

Реалізація механізмів зазначеного Закону суттєво зменшила взаємну заборгованість в енергетичній галузі. Так, за період його дії із загальної суми боргу, що виникла до 1 січня 2007 р., обсяг врегульованої заборгованості складає майже 13 млрд. гривень. Врегулювання здійснене шляхом проведення взаєморозрахунків, укладення договорів про розстрочення заборгованості і відстрочення її оплати та шляхом укладення мирових угод з обов'язковим затвердженням зазначених договорів та угод у судовому порядку.